Sau một thế kỷ rưỡi chiến tranh và bất ổn chính trị, Nhật Bản đã gần như được thống nhất bởi Oda Nobunaga, một lãnh chúa hạng vừa ở tỉnh Owari (ngày nay là tỉnh Aichi) để thống trị miền trung nước Nhật. Tuy nhiên vào năm 1582 chính Nobunaga trở thành nạn nhân của sự phản bội của chính tướng quân của mình, Akechi Mitsuhide. Điều này tạo cơ hội cho Toyotomi Hideyoshi (người xuất thân từ một anh lính "túc khinh" (ashigaru), vốn đã thành tướng quân ưu ái của Nobunaga từ trước do chứng minh được tài năng của mình trên chiến trường) dẫn quân về trừng phạt Akechi và trở thành người kế vị ông. Hideyoshi cuối cùng củng cố quyền thống trị của mình lên các lãnh chúa còn lại, và mặc dù ông không đủ tiêu chuẩn để được phong tước Chinh di Đại tướng quân như những người đứng đầu Mạc phủ khi xưa vì xuất thân thấp kém của mình, ông vẫn thống trị với tư cách một "Nhiếp chính" (Kampaku) cho gia đình của Nobunaga.

Khi Hideyoshi qua đời năm 1598 mà không có một người kế vị có tiềm năng, đất nước lại một lần nữa rơi vào cuộc tranh giành quyền lực, và lần này Tokugawa Ieyasu là người tận dụng được cơ hội.

Hideyoshi trên giường bệnh đã chỉ định một nhóm các lãnh chúa hùng mạnh nhất Nhật Bản — Tokugawa, Maeda, Ukita, Uesugi, Mōri — để thành lập Hội đồng Ngũ Nguyên lão cho đến khi người con trai thơ bé của ông, Hideyori, đến tuổi trưởng thành. Một nền hòa bình giả tạo diễn ra sau cái chết của Maeda Toshiie năm 1599. Ngay sau đó, Ishida Mitsunari buộc tội Ieyasu không trung thành với gia tộc Toyotomi, hấp tấp tạo ra một cuộc khủng hoảng rồi dẫn đến trận Quan Ngã Nguyên (tức Sekigahara) vào năm 1600. Thường được coi là trận chiến lớn cuối cùng của thời Chiến quốc, chiến thắng của Ieyasu ở Quan Ngã Nguyên đã kết thúc sự thống trị của triều đại Toyotomi. Ba năm sau, Ieyasu nhận tước hiệu "Chinh di Đại tướng quân", và thiết lập Mạc phủ cuối cùng ở Nhật Bản (Mạc phủ Tokugawa), cho đến Minh Trị Duy Tân năm 1868.